熱空氣消毒箱主要是通過氧化作用破壞細胞原生質，使微生物死亡，所以在一定的加熱時間內可殺死一切微生物。

熱空氣消毒箱的工作原理‌是通過高溫干熱來殺滅微生物。其核心部件是加熱元件，通電后產生熱量，使箱內空氣溫度升高。通常配備有風扇或通風系統，以促進熱空氣的循環流動，確保箱內各部分溫度均勻‌。當箱內溫度達到并維持在設定的高溫水平（一般在160℃至180℃之間），并持續一定的時間，微生物的蛋白質會因高溫而變性凝固，從而喪失生物活性，達到消毒滅菌的效果‌。